Cảnh sát Nhật Bản do từng tỉnh thành quản lý, không có tổ chức cảnh sát nào điều khiển hay hoạt động trên phạm vi toàn quốc cả. Lấy ví dụ về Keishicho, tức là cục cảnh sát thủ đô, được trao nhiệm vụ điều hành cơ bản khu vực thành phố mà họ phụ thuộc, trong trường hợp này là thành phố Tokyo. Các cảnh sát cũng được yêu cầu chỉ làm việc trong khu vực thành phố mà họ trực thuộc. Có một số người cho rằng Nhật cần một tổ chức điều khiển toàn bộ hệ thống cảnh sát như là FBI để đề phòng trường hợp bọn tội phạm liên hệ với nhau thành hệ thống trên phạm vi các tỉnh thành, như là vụ khí độc mà giáo phái Aum gây ra. Mặc dù vậy thì cơ quan cảnh sát quốc gia Nhật, là một bộ phận của hội đồng bảo an xã hội Nhật Bản, cũng không hề tham gia vào bất kỳ hành động điều tra cụ thể nào. Nhiệm vụ của họ là đảm bảo ngân sách cho ngành cảnh sát, điều hành các hoạt động chính để bảm bảo an ninh xã hội, quản lý điều hành giao thông trên các trục đường chính trên khắp đất nước, v.v... . Tổ chức duy nhất có thể tổ chức điều tra trên phạm vi toàn quốc như là một thực thể độc lập là cơ quan an ninh điều tra công cộng, một cơ quan chuyên về việc đối phó với những thành phần qua khích. Tuy nhiên thì sức mạnh của cảnh sát Nhật chính là ở chỗ họ có thể điều khiển một cách có hiệu quả việc điều tra trên phạm vi toàn quốc khi mà sở tổng chỉ huy cảnh sát các tỉnh thành liên kết lại với nhau.